Az adóeljárást érintő változás, hogy július 1-jétől a megbízható adózói kategóriába való besoroláskor az adózó terhére megállapított összes adókülönbözetet csökkenteni kell a tárgyévben és az azt megelőző 5 évben az adózó javára megállapított összes adókülönbözettel. Nyilvánosan működő részvénytársaságok esetében a megbízható adózói minősítés megszerzéséhez nem szükséges legalább 3 év működés. A módosítás szerint a jövőben a kockázatos adózók közé sorolandóak a kényszertörlési eljárás alatt álló cégek, valamint azok az adózók, akiknek az esetében az esedékessé vált mulasztási bírságok összege meghaladja az adóteljesítmény 70 százalékát.

Július 1-jétől új adóhatósági ellenőrzési formát vezetnek be, ennek célja, hogy megállapítsák, a feltételes adómegállapítás alapjául szolgáló tényállás megvalósult-e, és ha igen, a feltételes adómegállapítás kötelező erővel bír-e az adóhatóságra. Az ellenőrzés során az adóhatóság csak olyan okiratok bemutatását kérheti, melyekről a feltételes adómegállapítást tartalmazó határozat kimondta, hogy azok kiállítása, megőrzése, illetve vezetése alátámasztja a tényállás megvalósulását. A 2015. december 31-ig jogerőre emelkedett adó feltételes megállapításáról szóló határozatoknál az adózó maga is kezdeményezheti az eljárás megindítását.

További évközi változás, hogy az IFRS szerinti számviteli elszámolást érintő feltételes adómegállapítás iránti kérelmek esetében csatolni kell a Magyar Könyvvizsgálói Kamara szakértői véleményét.
A július 1-jétől kötelezően alkalmazandó uniós csoportmentességi rendelet alapján az 500 ezer eurónak megfelelő forintösszeget meghaladó támogatások esetén az egyes államokat közzétételi kötelezettség terheli. Adókedvezmények esetén a törvényben meghatározott adatok nyilvánosságra hozatala a sávosan meghatározott támogatástartalom szerint történik, az adóbevallástól számított egy naptári éven belül. A közzétett adatoknak az adókedvezmény igénybevételét követő 10 éven keresztül kell elérhetőnek lennie.

Az adózóknak július 1-jétől az adómegállapításhoz való jog elévülési idején túl is lehetőségük nyílik arra, hogy jogerős bírósági döntés alapján, adókötelezettségük rendezése érdekében a már elévült adómegállapítási időszakra vonatkozóan is önellenőrzést nyújtsanak be, melynek alapján az adóhatóság egy éven belül ellenőrzést végezhet. Ellenőrzéssel már lezárt időszak esetén az adózó kérésére ismételt ellenőrzés keretében korrigálni lehet az érintett adókötelezettséget.

A társasági adózásban is lesznek július 1-jétől változások, a jogdíj fogalmának újrafogalmazásával jelentősen szűkül a kapott jogdíj alapján érvényesíthető kedvezmény, e körbe alapvetően csak a szabadalmakból, oltalmakból és a szoftverek szerzői jogából származó eredmény minősül. A fogalmi szűkítésen túlmenően a jogdíj-eredmény csak olyan mértékben jogosít kedvezményre, amilyen arányban az adott immateriális jószágot saját kutatás-fejlesztési (k+f) tevékenysége alapján hozta létre az adózó. A saját k+f tvékenység közvetlen költségeként, annak legfeljebb 30 százalékáig a kapcsolt vállalkozástól megrendelt k+f szolgáltatás közvetlen költsége, továbbá a kapcsolt vállalkozástól vásárolt (átvett) immateriális javak bekerülési értéke figyelembe vehető. Az átmeneti rendelkezések szerint a 2016. június 30-ig állományba vett immateriális jószágok esetében az adózó még a módosítást megelőző szabályok szerint járhat el.

Az a módosítás, mely szerint negatív társasági adóalap esetén, a k+f tevékenységre tekintettel érvényesített adóalap-csökkentő tétel összegének 9,5 százaléka szociális hozzájárulási adókedvezményként érvényesíthető, amennyiben a társaság összes bevételének 40 százaléka k+f tevékenységből származik, legalább egy gyakorlóhelyet biztosít, továbbá a kutató-fejlesztők átlagos állományi létszáma az adóévben legfeljebb 10 százalékkal csökkent, már a módosító törvény kihirdetését követő naptól hatályba lépett. Az ismertetettek szerint érvényesített adóalap-csökkentő tétel 50 százaléka már felhasznált elhatárolt veszteségnek minősül.

A helyi adókat érinti, hogy július 1-jétől szűkül a jogdíj fogalma, továbbá az alapkutatás, alkalmazott kutatás és kísérleti fejlesztés közvetlen költségeként csak a társasági adó alapjában érvényesített összeget lehet a helyi iparűzési adóalap megállapítása során figyelembe venni (2017. január 1-jétől). A jogdíj-meghatározás tekintetében átmeneti rendelkezés biztosítja, hogy a 2021. június 30-ig lezáruló adóévben meghatározott esetekben a korábbi szabályozást lehessen alkalmazni.